Molti secoli fa, quando il paese di Badia era ancora poco abitato, il Santa Croce era probabilmente un luogo di culto pagano. Le difficili condizioni di vita di quei tempi hanno probabilmente spinto i primi cristiani a costruire un santuario per chiedere la benevolenza del cielo.Intorno all'anno 1010 dei monaci costruirono una cappella nei prati ai piedi del Sas dla Crusc/Santa Croce. Nel XV secolo al posto della cappella fu costruita una piccola chiesa che alla fine del XVII secolo fu sconsacrata dall'allora imperatore austriaco e quindi soggetta al decadimento. I valligiani e alcuni pellegrini ristrutturarono la chiesetta salvandola dalla rovina. A metà del XVIII secolo la chiesetta fu poi ampliata e dotata di un campanile.Per molti anni le uniche testimonianze dell'esistenza di un luogo di pellegrinaggio al Santa Croce erano documenti risalenti al 1511. In seguito furono trovate due pergamene che recavano una datazione precedente. Sulla prima pergamena si legge della consacrazione della chiesa, sulla seconda si racconta la storia di un certo "Morellus de Caninis" che nel 1500 si recò in pellegrinaggio a Roma per chiedere il favore della Santa Chiesa.Nell’altare della chiesa sono conservate alcune reliquie, come quella di San Leonardo (patrono della chiesa parrocchiale di Badia/San Leonardo), di San Ippolito, San Virgilio (vescovo di Salisburgo), di Santa Maria Maddalena, di Sant’Agnese e di Santa Barbara.Ai giorni nostri, durante la stagione estiva, diverse processioni portano dal fondovalle alla chiesa. Particolarmente sentita dalla popolazione della Val Badia la processione della prima domenica di giugno.
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